COVID-19, retours sur la mobilisation du CNRS en Provence et Corse

Développement de modèles animaux

COVIDHUMICE
Une ressource publique de souris humanisées permettant d’accélérer les études des infections dues au SARS-CoV-2
Financé par la Fondation pour la Recherche Médicale
Centre d'immunologie de Marseille-Luminy (CIML)
Coordinateur : Bernard Malissen

Le projet COVIDHUMICE a notamment pour objectif de développer une ressource de cinq modèles de souris humanisées ACE2 (HACE2) afin de tester des vaccins et des thérapies antivirales afin d’approfondir les connaissances sur les interactions pathogène-hôte et la réponse immunitaire induite par l’infection au virus. Les modèles développés exprimeront de façon ubiquitaire hACE2 active ou inactive, ou exprimeront de façon spécifiques hACE2 dans les pneumocytes de types I et II et dans les cellules club. Ces modèles seront ensuite mis à disposition de la communauté scientifique.

Caractérisation structurale des protéines virales

CoMemRep
Caractérisation des complexes de réplication associés à la membrane du SARS-CoV-2
Financé par la Fondation pour la Recherche Médicale
Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB)
Coordinateur : Juan Reguera

L’objectif du projet CoMemRep est d’apporter des informations structurales à haute résolution sur les complexes de réplication du SARS-CoV-2 associées à la membrane. Le projet consistera en l’expression et la caractérisation structurale des protéines associées à la membrane, des machines de réplication du SARS-CoV-2 (nsp3-4 et 6) pour l’assemblage ultérieur des protéines impliquées dans la synthèse de l’ARN (nsp7-16). Les résultats fourniront une grande quantité de nouvelles cibles thérapeutiques pour les antiviraux ciblant l’association membranaire et l’oligomérisation des complexes de réplication, et approfondiront notre compréhension des mécanismes de la réplication du SARS-CoV-2.

Réponse immunitaire innée à l’infection du SARS-CoV-2 : activation et régulation / La réponse hyper-inflammatoire induite par le SARS-CoV-2

RIPCOV
Rôles des interférons de type I et des cellules dendritiques plasmacytoïdes dans la Covid-19
Financé par l’ANR
Centre d'immunologie de Marseille-Luminy (CIML)
Coordinateur : Marc Dalod

Le projet RIPCOV propose d’étudier le rôle des cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDCs) qui constitue la source majeure d’Interferon de type I (IFN-I) dans la pathologie causée par le SARS-CoV-2. Un modèle murin permettant de tracer et de suivre les cellules pDCs productrices INF-I après infection par le SARS-CoV-2 sera utilisé.

Stratégies de dépistage

COSCREEN
Définition et évaluation de stratégies de dépistage du Covid screening dans des contextes variés, à partir de données de contact empiriques
Financé par l’ANR
Centre de Physique Théorique (CPT)
Coordinateur : Alain Barrat

Le projet COSCREEN répond au besoin urgent de concevoir, valider et optimiser de nouvelles stratégies permettant la répétition des dépistages par exemple, dans les écoles, les entreprises, les universités. Des modèles mathématiques capables de quantifier la pertinence des stratégies en fonction du contexte épidémique, des mesures mises en œuvre, de la taille, de la structure et des contacts de la population seront développés. L’impact de chaque stratégie sur la propagation sera évalué, en mettant l’accent sur (i) l’adhésion aux stratégies de test, (ii) la sensibilité des tests, (iii) le délai entre les tests et leurs résultats. Le projet fournira des rapports aux autorités de santé publique qui pourraient être diffusés auprès des écoles et des entreprises pour les aider à optimiser leurs stratégies de dépistage.

Criblage haut débit de molécules

TAMAC
Outils et modèles animaux pour des antiviraux contre le coronavirus
Financé par la Fondation de France
Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB)
Coordinateur : Jean-Claude Guillemot

Le projet TAMAC se base sur le fait que le complexe de réplication du virus nécessite trois protéines : nsp7, nsp8 et nsp12. A l’aide de criblage de chimiothèques, l’étude va identifier des molécules capables d’inhiber des interactions protéine-protéine et perturber la formation du complexe de réplication. Les molécules identifiées seront utilisées pour des essais in vitro.

PullCoVapart
Neutraliser la Covid-19 en s’attaquant à son cœur catalytique pour sa réplication
Financé par l’ANR
Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB)
Coordinatrice : Isabelle Imbert

Le projet PullCoVapart vise à reconstituer, in vitro, la machine réplicative du SARS-CoV-2 et à rechercher des inhibiteurs de la réplication virale par des méthodes d’intelligence artificielle et de biochimie des protéines. En particulier, une nouvelle classe de terminateurs naturels de chaînes nucléotidiques seront testés, ainsi que des nanobodies contre la protéine nsp8 du SARS-CoV-2 afin d’empêcher l’interaction de nsp8 avec la polymérase virale nsp12, pour inhiber la réplication virale.

Des analogues de nucléosides

PHOTONS
Des outils de phosphorylation enzymatique pour comprendre le mode d’action des analogues de nucléotides anti-CoV-2
Financé par l’ANR
Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB)
Coordinatrice : Karine Alvarez

Trois projets s’intéressent à des analogues de nucléosides comme nouvelles molécules thérapeutiques. Le projet PHOTONS vise à fournir à la communauté scientifique un moyen rapide d’obtenir des analogues de nucléosides contre la polymérase nsp12 des coronavirus et des nucléosides triphosphates (NTP), par des méthodes enzymatiques innovantes, permettant des progrès dans l’étude de leur mode d’action et favorisant la découverte de nouveaux analogues de nucléotides antiviraux à large spectre.

Compréhension de la dissémination virale dans l’air

SpeeD Vel
Étude de la vitesse des gouttelettes exhalées dans la parole
Financé par l’ANR
Laboratoire Parole et Langage (LPL)
Coordinateur : Antoine Giovanni

Le projet SpeeD Vel étudie la vélocité des gouttelettes dans l’air expiré suivant les différentes conditions de parole (parole normale, projetée forte ou en interaction). Une meilleure définition de la dispersion des gouttelettes permettra de fournir aux autorités de santé des données objectives concernant le risque de contamination par la parole.

Inégalités sociales et inégalités de vie

LearninCov
Apprendre en temps de pandémie : anxiété, capacité cognitives et prise de décision dans étudiants universitaires
Financé par l’ANR
Aix-Marseille Sciences Économiques (AMSE)
Coordinateur : Timothée Demont

Est-ce que l’anxiété générée par la pandémie de Covid-19 affecte les capacités d’apprentissage et de prise de décision des étudiants ? En mobilisant l’économie expérimentale le projet LearninCov testera l’impact des conséquences négatives sur le marché du travail et les conséquences sociales de la crise sur les capacités cognitives des étudiants, leur confiance et leurs attentes, leur préférence en matière de risque et leur santé mentale. Une expérience en ligne avec 1600 étudiants à Aix-Marseille Université permettra d’évaluer le degré d’anxiété et de stress afin d’estimer l’impact à court terme. Le recueil de données sur le profil socio-économique, l’expérience durant l’épidémie, les activités sociales, la santé mentale et les aspirations des étudiants contribuera à l’identification des groupes les plus vulnérables.